- شعبة الشؤون العلمية.
هي الجهة المسؤولة عن متابعة وتنظيم الأنشطة العلمية والبحثية في جامعة المثنى، والإشراف على تنفيذ البرامج العلمية، وتوثيق النتاجات البحثية، وتنسيق المؤتمرات والندوات وورش العمل، بما يسهم في تعزيز جودة التعليم والبحث العلمي وتحقيق أهداف الجامعة الأكاديمية
- وحدة المجلات العلمية.
هي وحدة متخصصة تتولى متابعة وتطوير المجلات العلمية الصادرة عن جامعة المثنى، والإشراف على تطبيق معايير جودة النشر العلمي، والعمل على إدراج المجلات في المستوعبات والتصنيفات العالمية، بما يعزز جودة البحث العلمي ويرفع التصنيف الأكاديمي للجامعة.
- شعبة البرنامج الحكومي.
هي الجهة المسؤولة عن متابعة تنفيذ مؤشرات البرنامج الحكومي في جامعة المثنى، وإعداد تقارير الإنجاز، وتنسيق العمل مع تشكيلات الجامعة لضمان تحقيق الأهداف الاستراتيجية ورفع مستوى الأداء المؤسسي وفق متطلبات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي
- وحدة توثيق البيانات.
هي الجهة المسؤولة عن جمع وتوثيق وإدارة البيانات والإحصاءات الخاصة بالشؤون العلمية في جامعة المثنى، وإعداد قواعد بيانات وتقارير دقيقة تسهم في دعم التخطيط المؤسسي، ورفع جودة الأداء، وتلبية متطلبات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي.
وحدة الخدمات البحثية ( الاستلال الالكتروني )
هي الجهة المسؤولة عن فحص البحوث والرسائل الجامعية باستخدام برامج الاستلال الإلكتروني المعتمدة، وإصدار تقارير الأصالة العلمية، وتقديم الدعم والإرشاد للباحثين بما يضمن الالتزام بأخلاقيات البحث العلمي ورفع جودة النتاجات البحثية في جامعة المثنى.